La première journée de prélèvement d’échantillons sur le terrain ORCHAMP a eu lieu aujourd’hui à Loriaz avec l’équipe de Wilfried Thuiller du LECA Grenoble. Retour sur les analyses génétiques et les détails du protocole.
Les recherches menées au nom de l’Observatoire des Relations Climat-Homme-milieux Agrosylvopastoraux du Massif alpin (ORCHAMP) ont débuté hier avec une première journée à Chamrousse. Aujourd’hui, c’est au tour du site de Loriaz avec le CREA Mont-Blanc.
Aujourd’hui analyses génétiques de sol avec le LECA Grenoble pour le programme #orchamphttps://t.co/a0U7AaZMh3https://t.co/0w2CZswNAY
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Le protocole
Dans des zones climatiques remarquables des Alpes, des bassins versants ont été sélectionnées en lien avec des partenaires locaux pour étudier les paysages.
Sur 1000 m de dénivelé, on marque tous les 200 m six zones de 30 m par 30 m, appelées placettes. Dans ces placettes, on délimite encore différentes zones qui serviront à plusieurs études scientifiques (botanique, sol et faune notamment). Pour les analyses du sol, c’est la partie inférieure qui sera utilisée : cette zone est délimitée en carrés de 2 m par 2 m. Dans trois de ces carrés, choisis au hasard, on prélève 10 carottes de terre. C’est dans la partie la plus profonde de ces carottes (au moins 20 cm sous la surface du sol, moins contaminée par les passages de faune, randonneurs…) que l’on va réaliser des analyses génétiques.
Retour de Loriaz de l’équipe #orchamp ! Pendant que les uns se reposent, début des analyses pour les autres ! pic.twitter.com/5y2FoWhFBy
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L’équipe de 9 chercheurs, doctorants et ingénieurs du LECA participent à la préparation des 36 échantillons #orchamp pic.twitter.com/lPG1peUpNS
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Pesée des échantillons de sol avec Amélie Saillard et Ludovic Gielly du LECA Grenoble #orchamp pic.twitter.com/2Rh32ALdIT
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les analyses génétiques
Les analyses doivent être faites rapidement pour éviter un développement soudain de microorganismes dans les échantillons. Tous les prélèvements et toutes les analyses vont être réalisées avec du matériel stérile et des gants pour éviter les contaminations extérieures.
Ludovic Gielly ajoute du tampon phosphate dans les échantillons de sol pour l’extraction de l’ADN #orchamp pic.twitter.com/ZlvymVt4Vy
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C’est parti pour 15 min dans le mélangeur ! #orchamp pic.twitter.com/PmMwFue1cs
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2mL de l’échantillon mélangé sont transférés dans des tubes direction la centrifugeuse 11000 tours/min #orchamp pic.twitter.com/jp5UToZFLB
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L’ADN que l’on veut extraire surnage dans le liquide au dessus de l’échantillon #orchamp pic.twitter.com/Pj8EbP7NGM
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Le mélange et un nouveau tampon sont placés dans des tubes avec une membrane en silice qui capture l’ADN #orchamp pic.twitter.com/VN1QpslALr
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Les tubes des 36 échantillons sont placés dans un dispositif pour faire le vide #orchamp pic.twitter.com/bSp3XtfwVH
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3 réactifs sont ajoutés pour nettoyer toutes les impuretés, qui passent à travers la membrane #orchamp pic.twitter.com/zgYZDSYKlP
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Après les différentes étapes pour isoler l’ADN, un dernier passage dans la centrifugeuse permet de sécher les échantillons pour pouvoir les transporter à Grenoble où ils seront réhydratés puis congelés.
En parallèle, les échantillons de sol restant vont être tamisés puis à leur tour séchés ou congelés pour subir d’autres analyses cet hiver au Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA) de Grenoble.
Tout ce qui reste est tamisé, congelé et ramené au labo pour d’autres analyses ADN et physico-chimiques #orchamp pic.twitter.com/H1qrtZ56JC
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L’ensemble de analyses ADN et physico-chimiques prendront plusieurs mois et seront réitérées tous les cinq ans sur tous les site du programme ORCHAMP.
Rédaction et live-tweet : Charlotte Mader
Pour en savoir plus
L’article Analyses de sol : la génétique au service de l’écologie
La page du programme ORCHAMP sur le site Internet du LECA
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