Analyses de sol : la génétique au service de l’écologie

Classé dans : ORCHAMP, Recherche, Sur le terrain | 0

Ce mardi, l’Observatoire du Mont-Blanc est le siège d’analyses génétiques de sol à Loriaz. Une journée de prélèvement d’échantillons sur le terrain, suivie de plusieurs mois d’analyses, contribuera à la réalisation d’un catalogue des espèces et caractéristiques des sols des Alpes afin d’observer leurs évolutions face à l’homme et au climat.

Analyses génétiques des échantillons de sol par Ludovic Gielly (LECA Grenoble) © CREA Mont-Blanc
Analyses génétiques des échantillons de sol par Ludovic Gielly (LECA Grenoble) © CREA Mont-Blanc

À l’interface entre société et environnement, l’Observatoire des Relations Climat-Homme-milieux Agrosylvopastoraux du Massif alpin (ORCHAMP) est un dispositif d’observation du socio-écosystème sur le très long terme : l’impact du climat et de l’univers socio-économique sur l’écologie dans les Alpes. Le CREA Mont-Blanc a participé à l’élaboration de plusieurs protocoles scientifiques du programme et est un partenaire local pour l’étude du gradient d’altitude de Loriaz.

La génétique au service de l’écologie

Neuf chercheurs, doctorants et ingénieurs de l’équipe du Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA) de Grenoble, porteur du projet ORCHAMP, réalisent les premières études génétiques de terrain depuis le début de la semaine.

Aujourd’hui au CREA Mont-Blanc, c’est le gradient d’altitude de Loriaz qui est passé au crible. Sur 1000 m de dénivelé, on prélève tous les 200 m des échantillons de sol qui sont ramenés à l’Observatoire du Mont-Blanc. L’ADN est immédiatement isolé.

Une première étape

L’ADN prélevé directement sur le terrain à l’Observatoire du Mont-Blanc représente la première étape du travail de recherche sur les échantillons de sol. Les étapes suivantes auront lieu au Laboratoire d’Écologie Alpine à Grenoble. L’ADN extrait sera amplifié et séquencé. Les espèces seront identifiées en comparant les résultats avec les bases de données préétablies au moyen d’outils bio-informatiques.

On recherche dans les échantillons de l’ADN d’insectes, de microfaune, de collemboles (crustacés microscopiques), de bactéries, archébactéries, champignons etc. On se sert aussi de ces échantillons de sol pour mesurer des paramètres physico-chimiques : quantité de carbone, d’azote, pH, matière organique, activité enzymatique… Ces éléments serviront à expliquer la présence et l’abondance de faune et de flore dans les différentes zones en fonction de l’altitude par exemple. L’ensemble des analyses durera plusieurs mois.

Des recherches sur le très long terme

Les prélèvements de terrain vont durer une dizaine de jours sur les différents sites de l’Observatoire ORCHAMP à travers les Alpes françaises. Tous les 5 ans, on réalisera à nouveau cet échantillonnage pour analyser les changements et évolutions. Cinq à sept sites d’études devraient être ajoutés chaque année pour aboutir au suivi de 25 sites et représenter ainsi une grande variété de climats et de types de sol.

 

Rédaction : Charlotte Mader

 

Pour en savoir plus

L’article Journée de terrain #1 ORCHAMP : analyses génétiques

La page du programme ORCHAMP sur le site Internet du LECA

Laissez un commentaire