Journée de terrain #1 ORCHAMP : analyses génétiques

Classé dans : ORCHAMP, Recherche, Sur le terrain | 0

La première journée de prélèvement d’échantillons sur le terrain ORCHAMP a eu lieu aujourd’hui à Loriaz avec l’équipe de Wilfried Thuiller du LECA Grenoble. Retour sur les analyses génétiques et les détails du protocole.

Plantation de thé à Loriaz avec le LECA Grenoble le 6 juillet dernier pour étudier la décomposition de la litière © CREA Mont-Blanc
Plantation de thé à Loriaz avec le LECA Grenoble le 6 juillet dernier pour étudier la décomposition de la litière © CREA Mont-Blanc

Les recherches menées au nom de l’Observatoire des Relations Climat-Homme-milieux Agrosylvopastoraux du Massif alpin (ORCHAMP) ont débuté hier avec une première journée à Chamrousse. Aujourd’hui, c’est au tour du site de Loriaz avec le CREA Mont-Blanc.

Le protocole

Dans des zones climatiques remarquables des Alpes, des bassins versants ont été sélectionnées en lien avec des partenaires locaux pour étudier les paysages.

Sur 1000 m de dénivelé, on marque tous les 200 m six zones de 30 m par 30 m, appelées placettes. Dans ces placettes, on délimite encore différentes zones qui serviront à plusieurs études scientifiques (botanique, sol et faune notamment). Pour les analyses du sol, c’est la partie inférieure qui sera utilisée : cette zone est délimitée en carrés de 2 m par 2 m. Dans trois de ces carrés, choisis au hasard, on prélève 10 carottes de terre. C’est dans la partie la plus profonde de ces carottes (au moins 20 cm sous la surface du sol, moins contaminée par les passages de faune, randonneurs…) que l’on va réaliser des analyses génétiques.

les analyses génétiques

Les analyses doivent être faites rapidement pour éviter un développement soudain de microorganismes dans les échantillons. Tous les prélèvements et toutes les analyses vont être réalisées avec du matériel stérile et des gants pour éviter les contaminations extérieures.

Après les différentes étapes pour isoler l’ADN, un dernier passage dans la centrifugeuse permet de sécher les échantillons pour pouvoir les transporter à Grenoble où ils seront réhydratés puis congelés.

En parallèle, les échantillons de sol restant vont être tamisés puis à leur tour séchés ou congelés pour subir d’autres analyses cet hiver au Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA) de Grenoble.

L’ensemble de analyses ADN et physico-chimiques prendront plusieurs mois et seront réitérées tous les cinq ans sur tous les site du programme ORCHAMP.

 

Rédaction et live-tweet : Charlotte Mader

 

Pour en savoir plus

L’article Analyses de sol : la génétique au service de l’écologie

La page du programme ORCHAMP sur le site Internet du LECA

Laissez un commentaire