{"id":323,"date":"2016-09-06T16:39:14","date_gmt":"2016-09-06T15:39:14","guid":{"rendered":"http:\/\/blog.creamontblanc.org\/?p=323"},"modified":"2022-11-09T14:24:54","modified_gmt":"2022-11-09T13:24:54","slug":"journee-de-terrain-1-orchamp-analyses-genetiques","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blog.creamontblanc.org?p=323","title":{"rendered":"Journ\u00e9e de terrain #1 ORCHAMP : analyses g\u00e9n\u00e9tiques"},"content":{"rendered":"

La premi\u00e8re journ\u00e9e de pr\u00e9l\u00e8vement d\u2019\u00e9chantillons sur le terrain ORCHAMP a eu lieu aujourd\u2019hui \u00e0 Loriaz avec l\u2019\u00e9quipe de Wilfried Thuiller du LECA Grenoble. Retour sur les analyses g\u00e9n\u00e9tiques et les d\u00e9tails du protocole.<\/strong><\/p>\n

\"Plantation<\/a>
Plantation de th\u00e9 \u00e0 Loriaz avec le LECA Grenoble le 6 juillet dernier pour \u00e9tudier la d\u00e9composition de la liti\u00e8re \u00a9 CREA Mont-Blanc<\/em><\/figcaption><\/figure>\n

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Les recherches men\u00e9es au nom de l\u2019Observatoire des Relations Climat-Homme-milieux Agrosylvopastoraux du Massif alpin (ORCHAMP) ont d\u00e9but\u00e9 hier avec une premi\u00e8re journ\u00e9e \u00e0 Chamrousse. Aujourd\u2019hui, c\u2019est au tour du site de Loriaz avec le CREA Mont-Blanc.<\/p>\n

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Aujourd’hui analyses g\u00e9n\u00e9tiques de sol avec le LECA Grenoble pour le programme #orchamp<\/a>https:\/\/t.co\/a0U7AaZMh3<\/a>https:\/\/t.co\/0w2CZswNAY<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

Le protocole<\/strong><\/p>\n

Dans des zones climatiques remarquables des Alpes, des bassins versants ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9lectionn\u00e9es en lien avec des partenaires locaux pour \u00e9tudier les paysages.<\/p>\n

Sur 1000 m de d\u00e9nivel\u00e9, on marque tous les 200 m six zones de 30 m par 30 m, appel\u00e9es placettes. Dans ces placettes, on d\u00e9limite encore diff\u00e9rentes zones\u00a0qui serviront \u00e0 plusieurs \u00e9tudes scientifiques (botanique, sol et faune notamment). Pour les analyses du sol, c\u2019est la partie inf\u00e9rieure qui sera utilis\u00e9e\u00a0: cette zone est d\u00e9limit\u00e9e en carr\u00e9s de 2 m par 2 m. Dans trois de ces carr\u00e9s, choisis au hasard, on pr\u00e9l\u00e8ve 10 carottes de terre. C\u2019est dans la partie la plus profonde de ces carottes (au moins 20 cm sous la surface du sol, moins contamin\u00e9e par les passages de faune, randonneurs\u2026) que l\u2019on va r\u00e9aliser des analyses g\u00e9n\u00e9tiques.<\/p>\n

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Retour de Loriaz de l’\u00e9quipe #orchamp<\/a> ! Pendant que les uns se reposent, d\u00e9but des analyses pour les autres ! pic.twitter.com\/5y2FoWhFBy<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

L’\u00e9quipe de 9 chercheurs, doctorants et ing\u00e9nieurs du LECA participent \u00e0 la pr\u00e9paration des 36 \u00e9chantillons #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/lPG1peUpNS<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

Pes\u00e9e des \u00e9chantillons de sol avec Am\u00e9lie Saillard et Ludovic Gielly du LECA Grenoble #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/2Rh32ALdIT<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

les analyses g\u00e9n\u00e9tiques<\/strong><\/p>\n

Les analyses doivent \u00eatre faites rapidement pour \u00e9viter un d\u00e9veloppement soudain de microorganismes dans les \u00e9chantillons. Tous les pr\u00e9l\u00e8vements et toutes les analyses vont \u00eatre r\u00e9alis\u00e9es avec du mat\u00e9riel st\u00e9rile et des gants pour \u00e9viter les contaminations ext\u00e9rieures.<\/p>\n

Ludovic Gielly ajoute du tampon phosphate dans les \u00e9chantillons de sol pour l’extraction de l’ADN #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/ZlvymVt4Vy<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

C’est parti pour 15 min dans le m\u00e9langeur ! #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/PmMwFue1cs<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

2mL de l’\u00e9chantillon m\u00e9lang\u00e9 sont transf\u00e9r\u00e9s dans des tubes direction la centrifugeuse 11000 tours\/min #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/jp5UToZFLB<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

L’ADN que l’on veut extraire surnage dans le liquide au dessus de l’\u00e9chantillon #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/Pj8EbP7NGM<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

Le m\u00e9lange et un nouveau tampon sont plac\u00e9s dans des tubes avec une membrane en silice qui capture l’ADN #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/VN1QpslALr<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

Les tubes des 36 \u00e9chantillons sont plac\u00e9s dans un dispositif pour faire le vide #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/bSp3XtfwVH<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

3 r\u00e9actifs sont ajout\u00e9s pour nettoyer toutes les impuret\u00e9s, qui passent \u00e0 travers la membrane #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/zgYZDSYKlP<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

Apr\u00e8s les diff\u00e9rentes \u00e9tapes pour isoler l’ADN, un dernier passage dans la centrifugeuse permet de s\u00e9cher les \u00e9chantillons pour pouvoir les transporter \u00e0 Grenoble o\u00f9 ils seront r\u00e9hydrat\u00e9s puis congel\u00e9s.<\/p>\n

En parall\u00e8le, les \u00e9chantillons de sol restant vont \u00eatre tamis\u00e9s puis \u00e0 leur tour s\u00e9ch\u00e9s ou congel\u00e9s pour subir d\u2019autres analyses cet hiver au Laboratoire d’\u00c9cologie Alpine (LECA) de Grenoble.<\/p>\n

Tout ce qui reste est tamis\u00e9, congel\u00e9 et ramen\u00e9 au labo pour d’autres analyses ADN et physico-chimiques #orchamp<\/a> pic.twitter.com\/H1qrtZ56JC<\/a><\/p>\n

\u2014 CREA Mont-Blanc (@creamontblanc) 6 septembre 2016<\/a><\/p><\/blockquote>\n

L’ensemble de analyses ADN et physico-chimiques prendront plusieurs mois et seront r\u00e9it\u00e9r\u00e9es tous les cinq ans sur tous les site du programme ORCHAMP.<\/p>\n

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R\u00e9daction et live-tweet : Charlotte Mader<\/p>\n

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Pour en savoir plus<\/strong><\/p>\n

L’article Analyses de sol : la g\u00e9n\u00e9tique au service de l’\u00e9cologie<\/a><\/p>\n

La page du programme ORCHAMP<\/a> sur le site Internet du LECA<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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